El Instituto de Farmacia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Austral de Chile fue creado el año 2002. En sus primeros años de vida académica ocupó espacios del Instituto de Química en el antiguo Edificio Emilio Pugin, Instituto al cual estuvieron adscritos los primeros académicos, contratados para desarrollar el ciclo profesional de la carrera de Química y Farmacia.

Como consecuencia del siniestro que, a fines de 2007, destruyó íntegramente el Edificio Emilio Pugin y, al igual que lo sucedido con otros Institutos ubicados en éste, los académicos del Instituto de Farmacia debieron ser distribuidos en diferentes lugares en el Campus Isla Teja. Actualmente, parte del Instituto de Farmacia ocupa el edificio ubicado en Carlos Acharán esquina Elena Haverbeck , mientras que el resto de los académicos se encuentra en el ex hotel Isla Teja. Su ubicación definitiva será en el Edificio Ciencias II de la Facultad de Ciencias, cuya construcción se ha iniciado en marzo de 2018.

El Plan Estratégico 2017-2019 define al Instituto de Farmacia como  una unidad académica que cultiva las ciencias farmacéuticas. El Instituto reconoce a las ciencias farmacéuticas como un área del conocimiento dinámica e interdisciplinaria, dedicada al estudio de sustancias con actividad biológica, tales como fármacos, tóxicos, productos naturales o alimentos”.

Establece como misión “generar, validar y divulgar conocimiento respecto a la actividad biológica de las sustancias y a la correcta utilización sanitaria de éstas. En concordancia con lo anterior, el Instituto ha de acoger, educar, formar y entrenar a estudiantes de pregrado y posgrado del área biomédica, quienes se insertarán en la sociedad como profesionales altamente calificados y con un elevado compromiso ético y de responsabilidad social. Los académicos del Instituto deben integrar permanentemente equipos de trabajo regionales, nacionales o internacionales, que procuren mejorar la calidad de vida de la población, la sustentabilidad y la protección medioambiental”.

Y, finalmente, en su visión declara “ser una unidad multidisciplinaria cohesionada, compuesta por académicos altamente calificados y referentes en el sur de Chile, que genera, valida y divulga conocimiento respecto de la actividad biológica de las sustancias y, de este modo, impacta positivamente en la calidad de vida de las personas, la sustentabilidad  y en el cuidado  medioambiental”.